总统府行政院行政院办公厅建于1934年6月。楼内设行政院院长、副院长、秘书长、政务处长办公室，以及会议室、总办公厅、稽核室等。
行政院是国民政府最高行政机关，成立于1928年10月25日，掌理内政、外交、财政、经济、军政、文化、教育等行政事务。院下辖各部会，分掌各项行政职权。
1937年11月，行政院随国民政府西迁重庆。日伪统治时期，沦为铁道部、交通部。
1946年5月“还都”南京后，行政院迁至原铁道部办公，此处作为国民政府社会部、水利部和侨务委员会办公处，直至1949年4月行政院迁广州。