小昭寺记载是文成公主进藏时携带了释迦牟尼十二岁等身像，为供奉而修建，坐西朝东也是为了文成公主思念故乡。后来金城公主进藏后与大昭寺的8岁释迦牟尼等身像交换。不过这些部分来源于吐蕃书中记载，由于整体情节比较荒诞，学术争论比较大。

小昭寺建筑历史上就命运多舛，多次焚烧，现在下层是老的建筑。多次破坏也让整个小昭寺的规模比较偏小。

无论如何现在小昭寺大殿内供奉了释迦牟尼8岁等身像，相比大昭寺游客众多，小昭寺则安静很多，也是来拉萨必须参观的寺庙之一。